定量與校正

當化合物已知，像臨床試驗中，收集很多獨立樣品的統(tǒng)計數(shù)據(jù)，服用的藥物和其目標代謝物已經(jīng)完全表征，以上情況下不需要全掃描質(zhì)譜圖。但是，在復雜生理性的混合物中，要求非常高的靈敏度，因此設置質(zhì)譜儀僅監(jiān)測特定m/z值。因為離子連續(xù)流過三重或串聯(lián)四極桿，所以沒有必要限制離子流進入質(zhì)量分析器。與之相反，離子阱有明確的有限容積，因此，需要防止過多的離子進入離子阱。不限制離子強度，結果在質(zhì)譜圖中會出現(xiàn)不想要的或意外的峰，這樣當試圖在GC/MS譜庫中搜尋EI譜時將非常麻煩。離子阱的設計已經(jīng)發(fā)生很大的改變，允許外部電離（在質(zhì)量過濾器外獲得離子，隨后離子注入離子阱），而不是內(nèi)部電離（在質(zhì)量過濾器電離）。設計的變更帶來了一個問題，在阱中會發(fā)生離子分子反應，但同時對離子流有一定限制。甚至在MRM模式下，這種總離子流的自動調(diào)節(jié)機制會引起對單個色譜峰的不規(guī)則采樣間隔。因此，最終，在復雜基質(zhì)的痕量分析中，離子阱具有一定局限性，尤其當要求有極高的準確度和精確度時，在這種情況下，因為數(shù)據(jù)必須具有合理性，或必須符合定量分析的準確度和精確度的嚴格標準。

MS定量分析時，通常需要使用內(nèi)標化合物。內(nèi)標用于控制樣品提取、LC進樣和電離等過程的誤差。如果沒有內(nèi)標物，各種重復試驗中的RSD將比有內(nèi)標物的重復實驗高出10倍。最好的內(nèi)標物是目標分子的同位素標記物。雖然合成這類分子非常昂貴，但是其有類似的提取回收率，色譜保留時間和質(zhì)譜電離響應等。

校正

質(zhì)譜學家使用校正化合物調(diào)整質(zhì)量校正比例和離子相對強度，與已知被測物相匹配。所有質(zhì)譜儀上都需進行這一操作，因為電子、表面的清潔度和實驗室的周圍條件可能影響質(zhì)譜儀的有效測量能力。對一些在低分辨質(zhì)譜儀上進行的要求不高的分析來說，校正可以較少，但儀器響應高低的檢查要經(jīng)常做。但是，高的質(zhì)量準確度則要求對質(zhì)量精度隨時監(jiān)控。

對GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也稱為過氟三丁烷胺。其它的校正化合物混合物也被用于調(diào)整高分辨率質(zhì)譜的校正比例。碘化銫鈉（NaCsI）和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶劑中，NaCsI以穩(wěn)定狀態(tài)流入或加入到質(zhì)譜儀中，在整個4000Da的范圍內(nèi)產(chǎn)生一系列單同位素峰，可用于質(zhì)量校正。含有可選擇的標準肽、蛋白質(zhì)、基質(zhì)和溶劑等，用于對MALDI質(zhì)譜儀進行校正、調(diào)諧和靈敏度檢測的有效工具包已經(jīng)商品化。Sigma Aldrich^®公司已經(jīng)這樣一種用于蛋白質(zhì)和肽復雜混合物的分析（700到66000Da）的一套試劑盒。

質(zhì)量鎖定

對于一些在TOF或類似的高質(zhì)量精度的儀器上進行的對質(zhì)量精度要求較高的測定時，需要隨時嚴格監(jiān)控儀器狀態(tài)。溫度的微小變化，可能導致質(zhì)量數(shù)幾個ppm的偏差。根據(jù)使用電離類型，使用一些一直存在的已知污染離子，可實現(xiàn)連續(xù)的質(zhì)量校正?；蛘咴谡麄€分析過程中，對離子流定期取樣，以實現(xiàn)隨時校正。如果在色譜柱后，質(zhì)譜進口之前的LC洗提液中，添加用于質(zhì)量鎖定的校正物，這通常引起不可控的結果，比如離子抑制，質(zhì)量數(shù)干擾和溶劑效應等。TOF型質(zhì)譜儀能實現(xiàn)較低ppm的質(zhì)量精度，對于傅里葉變換離子回旋共振（FTICR）質(zhì)譜儀，如果控制進入系統(tǒng)的離子數(shù)，則可達到更高的質(zhì)量精度。通過質(zhì)量鎖定對質(zhì)量數(shù)實時校正可以去除用事先已建立的質(zhì)量比例校正的質(zhì)量誤差。信號較弱有時是另一易被忽略的原因，可通過對LC峰各采樣點進行平均進行校正。雙電噴霧源是蛋白質(zhì)組學研究或低水平代謝物鑒定的理想電離方式。這種方法使用兩個獨立ESI探針，使用可編程的步進馬達驅動的振蕩阻隔板，從校正噴霧（或參照）流中取樣。在預設的間隔時間內(nèi)從對照噴霧取樣，并確保樣品采集任務循環(huán)。取樣阻隔板的位置被實時監(jiān)測，以便指示出兩液體的入口，對照和樣品數(shù)據(jù)存儲在獨立的文件中。這種設計減少了被測物和參照物的相互影響。